三个月的宝宝消化不良，可以给宝宝喂一些肠道益生菌，有助于改善消化功能。如果宝宝是母乳喂养的，妈妈的饮食上也要注意不吃生冷、刺激性的食物，避免导致宝宝的肠胃问题。此外，还要注意宝宝的腹部保暖，避免受凉，就可以使宝宝消化不良的问题逐渐恢复。妈妈可以给孩子做腹部按摩，按照顺时针的方向按揉宝宝的上腹部，按揉时要有渗透力，这样可以促进胃肠蠕动。