手足口病通常会在咽部引起疼痛。因为手足口病可能伴有心绞痛，所以咽咽处会出现疱疹。疱疹可能破裂，接触唾液会引起明显的疼痛。吞咽唾液，饮用水和进食时，情况会更加明显，有时甚至不能吃辛辣食物。手足口病的疼痛主要在咽部，不会在其他部位引起疼痛。对于比较特殊的患者，如患有手足口病的成年人，由于手脚的角质层较厚，疱疹的发生会引起局部疱疹的压力增加，因此疼痛可能会更加明显。