霉菌性食管炎是比较常见的疾病，主要表现为咽部疼痛和吞咽困难，尤其是进食固态或者温度较高的食物时更加明显，部分可以伴有胸骨后疼痛或背痛。长期反复发作的霉菌性食管炎，还会造成患者体重下降、消瘦和营养不良。此外，念珠菌还可以导致过敏反应，出现湿疹、荨麻疹、环状红斑、胃肠不适、腹泻、过敏性鼻炎和哮喘等。合并出血和穿孔时还会造成呕血、黑便和感染性休克。